Yıllarca insanların dünyasından gizlenen ve gölgeler içinde yaşayan Kaplumbağa kardeşler Leonardo, Donatello, Michelangelo ve Raphael, artık New Yorkluların kalplerini kazanmak ve normal gençler gibi kabul edilmek için cesur bir yolculuğa çıkarlar. Sokakları koruyup şehri tehlikelerden kurtararak, kendilerini hem kahraman hem de sıradan bireyler olarak kanıtlama amacındadırlar.

Bu süreçte, zeki ve cesur gazeteci April O'Neil ile tanışırlar. April, Kaplumbağa kardeşlere destek olur ve onları, New York'u tehdit eden gizemli bir suç örgütüne karşı mücadelede yönlendirir. Ancak işler hızla kontrolden çıkar. Gizemli örgüt, şehre bir mutant ordusu salarak Kaplumbağa kardeşleri ve yeni müttefiklerini çok daha büyük bir tehlikeyle yüz yüze getirir.

Artık bu dört kardeş, sadece New York'u değil, kendilerini de korumak zorundadır. Hem kahramanlık hem de genç olmanın getirdiği zorluklarla mücadele eden Kaplumbağalar, en büyük düşmanlarına karşı ayağa kalkarken, bir yandan da dostluk, sadakat ve aile bağlarının önemini keşfederler.