Sovereign, çaresizlik ile inanç arasındaki çizgide giderek tehlikeli bir yola sürüklenen bir baba-oğul hikâyesi sunuyor. Film, işsiz bir çatı ustası olan Jerry Kane'in, evde eğitim gören 15 yaşındaki oğlu Joe ile verdiği zorlu hayatta kalma mücadelesini odağına alıyor. Ekonomik çıkmazlar ve sistemin baskısı altında ezilen Jerry, geleneksel yollarla ayakta kalamayacağını düşündükçe daha radikal bir yöne kayar.

Giderek büyüyen huzursuzluğu, onu "egemen vatandaş" hareketine çeker—devleti, yasaları ve kurumları reddeden, bireysel egemenliği yücelten bir ideoloji. Jerry, oğluna yalnızca hayatta kalmayı değil, yasal düzenin bir illüzyon olduğunu ve gerçek özgürlüğün ancak sisteme karşı gelerek elde edilebileceğini öğretmeye başlar. Bu yeni inancı doğrultusunda, ülke çapında çaresiz ev sahiplerine “borç hafifletme seminerleri” düzenleyerek kendi görüşlerini yayar. Ancak zamanla bu ideoloji, Jerry’nin gerçeklikten kopmasına, mantığın yerini paranoyanın almasına neden olur.

Joe ise babasının karizmatik ama giderek dengesizleşen liderliği altında büyürken, bir yandan da farklı bir hayatın mümkün olup olmadığını sorgular. Her ne kadar babasına duyduğu sadakat onu geri çekse de, Joe'nun iç dünyasında özgürlük anlayışı ile normal bir yaşam arzusu çatışmaya başlar.

Sovereign, bireysel çöküşün, ideolojik sapmanın ve aile içindeki sadakatin güçlü bir portresini çizerken; ekonomik sistemin dışına itilmiş insanların, kurtuluşu tehlikeli inançlarda arayabileceğini sarsıcı bir şekilde gözler önüne seriyor. Baba ile oğul arasındaki bağ, sevgiyle yoğrulmuş olsa da, onların özgürlük anlayışı bambaşka yönlere sürüklenirken, hikâye trajik bir gerilimle örülür.