Kayıp babasının izini süren, görünüşte sıradan bir kız olan Emily, gizemli bir davetiye alır. Bu davetiye, Bay Kleks adında eksantrik ve sihirli bir öğretmenin yönettiği bir üniversiteden gelmiştir. Emily, bu fırsatı değerlendirir ve babası hakkında daha fazla bilgi edinebileceği umuduyla daveti kabul eder.

Bay Kleks'in yönettiği bu sihirli üniversite, normal okullardan oldukça farklıdır. Burada öğrenciler, büyü ve sihir üzerine eğitim alırken, aynı zamanda kendilerini ve dünyayı keşfetme şansı bulurlar. Emily, üniversitenin büyülü atmosferine adım attığında, kendi yeteneklerini keşfeder ve büyünün gücünü kullanmayı öğrenir.

Ancak Emily'nin asıl amacı babasının izini sürmektir. Üniversitede geçirdiği süre boyunca, Emily, babasının geçmişi ve kayboluşu hakkında önemli ipuçları bulur. Bay Kleks ve diğer öğrenciler, Emily'ye bu arayışında yardımcı olurlar. Emily, babasının kayboluşunun ardındaki sırrı çözmeye çalışırken, hem kendini geliştirir hem de arkadaşlık ve cesaretin gerçek anlamını öğrenir.

Film, büyü ve macera dolu bir dünyada, kayıp bir babayı bulma arayışının ve kendini keşfetmenin hikayesini anlatır. Emily'nin büyülü yolculuğu, izleyicilere umut, cesaret ve sevginin gücünü hatırlatır.