İdealist bir reformcu olan Henry Brubaker, ülkenin en kötü şöhretli cezaevlerinden birine müdür olarak atanır. Ancak göreve alışılmış yollardan başlamak yerine radikal bir yöntem izlemeyi tercih eder. Kendisini yetkililere tanıtmadan, adeta bir tutukluymuş gibi cezaevine girerek içerideki koşulları bizzat gözlemlemeye karar verir. Bu sayede hem personelin gerçek yüzünü görür hem de mahkûmların maruz kaldığı insanlık dışı uygulamaları doğrudan tecrübe eder.

Brubaker içerideyken, dayak, kötü muamele, rüşvet, işkence ve ölümcül ihmal vakalarıyla karşılaşır. Mahkûmların çoğu yalnızca cezalarını çekmek değil, hayatta kalmak için de mücadele etmektedir. Bu gözlemlerinin ardından kimliğini açıklayan Brubaker, cezaevinin başına resmen geçer ve köklü reformlar başlatır. Yemeklerin kalitesini artırır, tıbbi yardımın ulaşılabilir olmasını sağlar ve mahkûmlara daha insani koşullarda yaşama hakkı tanımak için adımlar atar.

Ancak bu reform çabaları, yıllardır sistemin çarklarından faydalanan çıkar çevrelerinin hoşuna gitmez. Cezaevi yönetimi içindeki yozlaşmış unsurlar ve siyasi çıkarları uğruna statükoyu korumak isteyen vali gibi üst düzey isimler, Brubaker’in karşısına çıkar. Bir yandan idealizmiyle mahkûmlar arasında güven kazanan Brubaker, öte yandan bürokratik engellerle, tehditlerle ve siyasi oyunlarla baş etmek zorunda kalır.

Kurumun içyüzünü açığa çıkarmaya kararlı olan Brubaker, sistemle savaşırken, vicdanı ile görev tanımı arasında sıkışıp kalır. Adaletin ve insan haklarının gerçekten ne anlam ifade ettiğini sorgulayan bir mücadeleye dönüşen bu süreçte, tek başına bir adamın, yerleşmiş bir adaletsizlik düzenine karşı durmasının ne kadar zor olduğunu da görürüz.

Film, cesaretin, ahlaki kararlılığın ve idealizmin yozlaşmış sistemler karşısında ne kadar ileri gidebileceğini sorgularken, Brubaker karakteri üzerinden izleyiciye unutulmaz bir vicdan muhasebesi sunar.