Kyushu'nun huzurlu bir kasabasında yaşayan 17 yaşındaki Suzume, bir gün yolda "bir kapı arayan" gizemli bir genç adamla karşılaşır. Merak ve bir garip çekimle adama eşlik eden Suzume, onu dağlardaki harabe bir binaya kadar takip eder. Burada, yılların yıkımından kurtulmuş, hâlâ dimdik ayakta duran esrarengiz bir kapı bulurlar. Suzume, bu kapıya doğru görünmez bir güç tarafından çekildiğini derinden hisseder ve tereddütsüz kapıya uzanır.

Kısa süre içinde, Japonya’nın dört bir yanındaki kapılar ardı ardına açılmaya başlar; fakat bu kapıların ardında, kontrol altına alınması gereken büyük ve yıkıcı felaketler saklıdır. Suzume, sadece bu felaketleri önlemek için değil, aynı zamanda kapıların ardındaki gizemi çözmek ve dengeyi sağlamak için zorlu bir "kapıları kapatma yolculuğu"na çıkar. Bu yolculuk, hem doğanın hem de insan ruhunun kırılganlığını ve gücünü keşfetmesine olanak tanıyacak, Suzume’nin hayatını sonsuza dek değiştirecektir.