Deli bir bilim adamı, teröristler için ölümcül bir virüs geliştirmek üzere çalışmalarını sürdürmektedir. Bu virüs, dünya çapında büyük bir tehlike oluşturacak kadar güçlüdür. Virüsün dağıtımı, küresel bir felaketin kapısını aralayabilir. Teröristlerin bu tehlikeli virüse ulaşmasını engellemek ve bilim adamının planlarını boşa çıkarmak için, hükümetin en iyi dövüşçüsü olan Sean, namıdiğer Amerikan Ninja göreve çağrılır.

Sean, dövüş yetenekleri ve stratejik zekasıyla tanınan, yüksek eğitimli ve deneyimli bir savaşçıdır. Görevi, sadece bilim adamını durdurmak değil, aynı zamanda virüsü ele geçirip etkisiz hale getirmektir. Amerikan Ninja'nın karşısına çıkacak olan bu zorlu görev, onu tehlikeli teröristlerle ve ölümcül tuzaklarla dolu bir mücadeleye sokar.

Sean'ın cesareti, becerileri ve dövüş yetenekleri, bu ölümcül tehdidi ortadan kaldırmak için kritik öneme sahiptir. Film, aksiyon dolu sahnelerle ve gerilimle dolu bir macerayı ekranlara getirir.