Bu hikaye, II. Dünya Savaşı'nın karanlık gölgesinde geçen dokunaklı bir dostluğu merkezine alıyor. Bruno, ailesiyle birlikte Berlin'den Polonya’ya taşınmak zorunda kalır. Babası, Nazi ordusunda yüksek rütbeli bir subaydır ve bu sebeple, yeni görev yerleri, çitlerle çevrili bir esir kampının yakınındaki tuhaf bir evdir. Bruno’nun merakı, onu bu çitin ötesinde bir dünya olduğunu keşfetmeye iter.

Bir gün, çitin diğer tarafında yaşayan, kendisiyle aynı yaşlarda olan Shmuel ile tanışır. Shmuel, çizgili pijamalar giymekte ve çitin arkasındaki dünya Bruno için bir gizem olmaktan öteye geçmektedir. Bruno, çitin ötesindekilerin Yahudi olduğunu, Shmuel’in de bir tutsak olarak orada yaşadığını bilmez. İki çocuk arasındaki bu masum dostluk, savaşın korkunç gerçeklerinden habersiz şekilde gelişir. Bruno’nun Shmuel’e karşı duyduğu merak ve empati, onların dostluğunu daha da derinleştirir.

Bruno, babasının rolünün ve esir kampının gerçek doğasının farkına varmadan, Shmuel’in yaşadığı dünyaya daha fazla ilgi duymaya başlar. Ancak bu dostluk, iki tarafın da tehlikeli bir yolculuğa çıkmasına neden olur. Shmuel, Bruno'ya kendi dünyasındaki zorlukları ve acıları anlatırken, Bruno’nun kampın içine gizlice girmeye karar vermesi işleri daha da tehlikeli hale getirir.

Bruno'nun, Shmuel'e olan bağlılığı ve merakı, onu yavaş yavaş ölümcül bir sona sürükler. Kampın korkunç gerçeğiyle yüzleşmek zorunda kalmadan önce, Bruno ve Shmuel masumiyetin ve dostluğun en saf halini yaşarlar. Ancak, savaşın ve insanlık tarihinin en büyük trajedilerinden birinin ortasında bu masumiyet, Bruno’nun ölümcül bir hata yapmasına neden olur.

"Çizgili Pijamalı Çocuk" adlı bu hikaye, savaşın acımasızlığını ve masum bir dostluğun gücünü çarpıcı bir şekilde gözler önüne sererken, izleyicilere büyük bir trajediye tanıklık ettiriyor.