Ele geçirilmiş bir Ninja bebeği, eski bir ustanın ruhuyla doludur ve adalet arayışı içindedir. Fakir bir fabrika işçisinin acımasızca öldürülmesinin ardından, Ninja bebek, adaleti sağlamak için harekete geçer. Bu sırada genç bir çocuk, Ninja bebekle beklenmedik bir şekilde karşılaşır ve aralarında güçlü bir bağ kurulur.

İkili, birlikte çalışarak, işçinin ölümünden sorumlu olanları adalete teslim etmek için tehlikeli bir yolculuğa çıkar. Çocuk, Ninja bebeğin rehberliğinde cesaretini ve becerilerini keşfederken, aynı zamanda intikamın ağırlığını da omuzlarında hisseder. Ninja bebek ise, insanlara olan inancını yeniden kazanmak için bu genç çocuğa güvenmek zorundadır.

Yolculukları, onları acımasız suçlularla dolu karanlık sokaklara, tehlikeli komploların döndüğü fabrikalara ve ihanetlerle dolu bir dünyaya götürür. Ancak, ikili birbirine olan güvenlerini ve bağlılıklarını koruyarak, adaleti sağlamak için her engelin üstesinden gelmeye kararlıdır.

Bu süreçte, genç çocuk, bir kahramana dönüşürken, Ninja bebek de amacını tamamlayarak huzura kavuşmayı ümit eder. İntikam ve adalet arayışındaki bu hikâye, dostluk, cesaret ve fedakarlığın ne kadar güçlü olabileceğini gösterir.