G.I. Joe askerleri, uzun yıllardır dünyayı korumak için mücadele veren bir özel birimdir. Bu kez karşılarına çıkan tehlike, yalnızca Kobra örgütüyle sınırlı kalmaz. Ekip, devletin içinden gelen tehlikelerle de başa çıkmak zorunda kalır. İçeriden gelen ihanetler ve gizli planlar, ekibi zorlu bir mücadeleye sürükler.

Kobra örgütü, her zamanki gibi dünyayı ele geçirme hedefini sürdürmektedir. Ancak bu sefer, Zartan'ın liderliğindeki örgüt, devletin içine kadar sızmış ve kontrol altına almıştır. Zartan'ın etkisi altına giren dünya liderleriyle ittifak kuran Kobra örgütü, dünya barışını tehdit etmektedir.

G.I. Joe ekibi, bu yeni tehditle başa çıkmak için bir araya gelir. Ölümcül düşmanları Kobra'nın yanı sıra, kendi ülkelerinin içinden gelen tehlikelerle de mücadele etmek zorundadırlar. Ekip, sadece dış düşmanlara karşı değil, aynı zamanda içeriden gelen ihanetlerle ve gizli tehditlerle de mücadele etmek zorunda kalır.

Zartan ve onun adamları, G.I. Joe ekibine karşı acımasız bir savaş başlatır. Kobra örgütünün kontrolündeki dünya liderleriyle ittifak kuran ve güçlerini kötüye kullananlar, dünya barışını tehdit eder. G.I. Joe ekibi, bu zorlu mücadelede hem dış düşmanlarına karşı savaşacak hem de içeriden gelen tehlikelerle başa çıkmak için ellerinden geleni yapacaktır. Ancak bu kez, düşmanları daha güçlü ve tehditler daha büyüktür.