2014 yapımı Godzilla'nın devamı niteliğinde olan bu filmde, kripto-zoolojik bir kuruluş olan Monarch, dünyanın çeşitli yerlerinde keşfettikleri kadim yaratıkları izlemeye devam etmektedir. Ancak 2014 yılında meydana gelen yıkıcı olayların ardından, hükümetler bu kadim yaratıkların tamamen yok edilmesini istemektedir. Monarch, yaratıkların izlenmesi ve kontrol edilmesi gerektiğine inanırken, hükümetler daha radikal çözümler aramaktadır.

Bu süreçte, efsane oldukları düşünülen kadim süper türler bir anda tekrar uyanır ve birbirlerine üstünlük kurmak için amansız bir savaş başlatırlar. Godzilla, kendi türünün lideri olarak ortaya çıkar ve devasa yaratıklarla, özellikle de Mothra, Rodan ve Ghidorah ile yüzleşir. Ghidorah, üç başlı devasa bir ejderha olup, en büyük tehditlerden biridir ve diğer yaratıklarla savaşarak dünya üzerindeki hâkimiyetini ilan etmeye çalışır.

Bu yaratıkların savaşı, dünyayı yok olmanın eşiğine getirir ve insanlık büyük bir tehlike ile karşı karşıya kalır. Monarch, yaratıkların arasındaki bu çatışmayı durdurmak ve dünya üzerindeki dengeyi yeniden sağlamak için çabalar. İnsanlık, hayatta kalabilmek için hem bu kadim yaratıklardan korunmak hem de Monarch'ın liderliğinde birleşmek zorundadır. Film, Godzilla'nın insanlığın kaderi için verdiği destansı mücadeleyi ve Monarch'ın yaratıkların sırlarını açığa çıkarmak için gösterdiği çabayı anlatmaktadır.