Ölümcül bir saldırının ardından bedeni yok olan Binbaşı Kusanagi, ileri düzey bir teknolojiyle yeniden hayata döndürülür — artık o, tarihteki ilk tamamen sibernetik bedene sahip insan, bir cyborg’tur. Geçmişine dair anılarını yavaş yavaş yitirse de, hükûmetin kurduğu özel bir birimde, Section 9 adlı görev gücünde çalışmaya başlar. Görevi, insan zihnine sızarak suç işleyen gelişmiş siber suçlularla mücadele etmektir.

Ancak karşısına çıkan son tehdit, bugüne dek karşılaştıkları hiçbir şeye benzemez. “Kuklacı” (Puppet Master) adıyla bilinen gizemli bir hacker, yalnızca bireysel suçlar işlememekte, aynı zamanda sistemin tamamını tehdit eden bir plana sahiptir. Kuklacı'nın eylemleri, insan bilinci, yapay zeka ve kimlik arasındaki çizgiyi bulanıklaştıran bir felsefi karmaşaya dönüşürken, Binbaşı Kusanagi sadece bir suçluyu değil, aynı zamanda kendi varlığının anlamını da sorgulamaya başlar.

Gerçekten kimdir? Hafızaları ve benliği ona mı aittir, yoksa birer yapay kurgu mudur? Sibernetik bir bedenin içinde, insan ruhunun varlığını sürdürebilmesi mümkün müdür?

Geleceğin teknolojisi ile varoluşsal soruları bir araya getiren bu film, görsel olarak çarpıcı bir distopya yaratırken, bilinç, özgür irade ve kimliğin sınırlarına dair derin bir sorgulama sunar.