Film, deniz kuvvetlerinde görev yapan Cem ile eşi Alara’nın derin ve duygusal hikayesini konu alıyor. Cem, disiplinli bir asker olarak, denizin engin maviliklerinde görev yaparken, karada onu bekleyen en büyük destekçisi eşi Alara ile olan büyük aşkı yaşamaktadır. Alara, Cem’in hayatında adeta bir liman gibidir; ona huzur, sevgi ve sadakatle dolu bir yaşam sunmuştur. Ancak, bu güzel aşk hikayesi beklenmedik bir trajediyle kesintiye uğrar. Alara’ya kanser teşhisi konulduğunda, çiftin hayatı geri dönüşü olmayan bir yola girer.

Cem, Alara’nın hastalığı sürecinde büyük bir sabır ve sevgiyle ona destek olur. Alara ise, hayatının son günlerinde dahi Cem’e olan sevgisini hep güçlü tutar ve bir gün ona "Mavi Mağara" adını verdikleri, birlikte gitmeyi hayal ettikleri yeri işaret eder. Mavi Mağara, ikisi için hem sembolik hem de duygusal anlam taşıyan bir mekandır; gerçek aşklarının sonsuza dek süreceği, gizemli ve huzur dolu bir yer.

Alara’nın ölümünden sonra Cem, hayatının en büyük aşkını kaybetmenin acısıyla başa çıkmaya çalışır. Ancak, içindeki sevgi ve Alara’ya verdiği söz onu bir yolculuğa çıkmaya zorlar. Mavi Mağara’ya doğru yola çıkar ve bu seyahat, sadece fiziksel bir macera olmakla kalmaz, aynı zamanda Cem’in kendi iç dünyasında da derin bir keşfe dönüşür. Bu yolculuk boyunca, Cem ve Alara’nın geçmişlerine, aşklarına dair detaylar bir bir açığa çıkar. Alara'nın ona bıraktığı anılar, Cem’in kalbinde yeniden canlanır.

Cem’in Mavi Mağara’ya varması, geçmişin izlerini sürüp gerçek aşkın ne kadar güçlü ve kalıcı olduğunu anlamasına yol açar. Bu mağara, ikisi arasındaki sevginin hiç bitmediği, sonsuzluğa uzanan bir aşkın simgesi haline gelir. Film, izleyiciyi yalnızca trajik bir kayıpla değil, aynı zamanda sevginin her zaman yaşadığına dair umut dolu bir mesajla bırakır.