The Ottoman Lieutenant adlı filmin merkezinde, idealleri uğruna sınırları aşan cesur bir kadın yer alıyor: Hemşire Lillie. Amerika’dan yola çıkan Lillie, Van’da karşılaştığı Osmanlı subayı Jude ile arasında gelişen bağ sayesinde hayatının yönünü değiştirecek bir karara varır. Altmış gün süren zorlu ve tehlikelerle dolu bir yolculuğun ardından önce İstanbul’a, ardından ise savaşın eşiğindeki Doğu Anadolu’ya ulaşır.

İstanbul’da Melih Paşa tarafından karşılanan Lillie, yanına idealist Türk subayı İsmail’in de katılmasıyla birlikte yardım götüreceği misyon hastanesine doğru yola çıkar. Ancak vardıkları yerde onu bekleyen ilk kişi, Batılı bir doktor olan hastane başhekimi Woodruff’tur. Woodruff, Lillie’nin bir kadın olarak bu coğrafyada çalışmasının mümkün olmadığını, bu zorlu koşullara dayanamayacağını söyleyerek onu geri göndermek ister.

Lillie’nin varlığı sadece hastanedekileri değil, askeri yetkilileri de tedirgin eder. Komutan Halil Bey, Lillie'nin kalmasına başka nedenlerle karşıdır; çünkü bu bölgede sadece hastalık değil, siyasi gerilimler ve yaklaşmakta olan savaş da kol gezmektedir.

Ancak Lillie, tüm uyarılara ve baskılara rağmen geri dönmez. Hem idealist hem de duygusal bir yolculuğa adım atar. Yaralı askerleri iyileştirmeye, masumlara yardım etmeye kararlıdır. Fakat çok geçmeden kendisini yalnızca ölüm ve yıkımla değil, kalbiyle de yüzleşmek zorunda olduğu bir ikilemin içinde bulur: Bir yanda onu bu topraklara getiren Jude, diğer yanda birlikte çalıştığı ve zamanla aralarında duygusal bir bağ oluşan subay İsmail.

Lillie, savaşın gölgesinde, erkek egemen bir coğrafyada, yalnızca insanlara değil kendi kalbine de şifa ararken, özgürlüğün, inancın ve aşkın bedelini yeniden tanımlar.