1944 yılında, İspanya İç Savaşı'nın resmi olarak sona erdiği ama dağlık bölgelerde hâlâ çatışmaların sürdüğü bir dönemde, 10 yaşındaki Ofelia, annesi Carmen’le birlikte, ülkenin kuzeyindeki ormanlık ve tehlikeli bir bölge olan Navarra’ya taşınır. Ofelia’nın annesi yeniden evlenmiş ve karnında yeni bir bebek taşımaktadır. Yeni kocası Kaptan Vidal, faşist rejimin hizmetinde, bölgedeki son isyancı grupları ortadan kaldırmakla görevli, acımasız ve sert bir askerdir. Vidal’in disiplin ve otorite takıntısı, zaten kırılgan olan Ofelia’nın bu yeni hayatına alışmasını daha da zorlaştırır.

Hayal gücü geniş olan Ofelia, çevresindeki gerçekliğin kasvetinden ve Vidal'in baskıcı tutumundan kaçmak için masallara ve düşsel varlıklara sığınır. Bir gün evlerinin arkasındaki ormanlık alanda, terkedilmiş gibi görünen taş bir labirente rastlar. Labirentin içinde, insan ve keçi karışımı bir varlık olan Pan adındaki gizemli bir yaratıkla tanışır. Pan, Ofelia’nın bir peri krallığından geldiğini, aslında kayıp bir prenses olduğunu ve kendi gerçek dünyasına dönebilmesi için üç önemli görevi yerine getirmesi gerektiğini söyler.

Pan’ın verdiği görevler, Ofelia’yı hem fiziksel hem de duygusal olarak sınar. Bu görevler, bazen ürkütücü yaratıklarla yüzleşmesini, bazen kendisini feda etmesini gerektirir. Bu süreçte gerçek dünya ile hayal dünyası arasındaki sınırlar giderek silikleşir. Vidal ise isyancı avına devam ederken, hamile eşinin sağlığı giderek kötüleşir ve giderek daha da paranoyak ve zalim hale gelir.

Ofelia, Pan’ın talimatlarını yerine getirirken, bir yandan da annesini ve doğmamış kardeşini korumaya çalışır. Ancak gerçek dünyanın acımasızlığı, hayal dünyasının sınırlarını zorlar. Film ilerledikçe, izleyici Ofelia’nın yaşadıklarının gerçekten büyülü bir kaderin parçası mı, yoksa yalnızca travmalarla baş etmeye çalışan bir çocuğun zihninin ürünü mü olduğunu sorgulamaya başlar.

Masalların karanlık ve ürkütücü yanını ustalıkla yansıtan film, fantastik öğeleri İspanya’nın baskıcı siyasi atmosferiyle harmanlayarak, çocukluk, kayıp, masumiyet ve direniş temalarını derinlikli bir şekilde işler. Ofelia’nın son kararı ve nihai fedakârlığı ise, masalların yalnızca mutlu sonlardan ibaret olmadığını çarpıcı bir şekilde gözler önüne serer.