Baahubali'nin hikayesi, bir zamanlar görkemli ve güçlü bir krallık olan Mahishmathi'nin taht kavgaları sonucunda asıl varis olarak dünyaya gelen bir prensin dramatik yaşamını anlatıyor. Prens Baahubali, daha kundaktayken bir suikast girişiminden annesinin fedakarlığı sayesinde hayatta kalır. Ancak bu kurtuluş, onu gerçek annesinden ve krallığındaki hak ettiği yerden uzak bir yaşam sürmeye zorlar. Aradan geçen yıllar boyunca, Baahubali kimliğinden habersiz, güçlü, çevik, zeki, ve dövüş sanatlarında yetenekli bir genç adam olarak yetişir.

Baahubali, kaderinin onu nereye götüreceğinden habersiz, günlük yaşamını sürdürürken, kendisini sürekli olarak büyük ve anlamlı olayların içinde bulur. Yüreğindeki adalet duygusu ve cesareti, onun gerçek kimliğine giden yolu açar. Bir dizi olay sonucunda Baahubali, gerçek kimliğini keşfeder ve Mahishmathi Krallığı'nın asıl varisi olduğunu öğrenir.

Krallığına döndüğünde, Baahubali tahtın gerçek sahibinin kendisi olduğunu iddia eder. Ancak krallık, iç ve dış tehditlerle karşı karşıyadır. Tahtta hak iddia eden kardeşi Bhallaladeva, hain planları ve entrikalarıyla Baahubali'ye karşı durur. Baahubali, halkının güvenini kazanarak ve adalet için savaşarak, krallığın kaderini belirlemeye çalışır.