Snake Eyes, Japonya'ya gelir gelmez Arashikage klânına katılır. Bu klân, ona sadece ninja savaşçısı olma yöntemlerini öğretmekle kalmaz, aynı zamanda uzun zamandır aradığı bir şeyi de sunar: Bir yuva. Ancak, geçmişinden gelen sırlar gün yüzüne çıktığında, Snake Eyes'ın onuru ve sadakati sınanır.

Geçmişinden gelen sırlar, Snake Eyes'ın kim olduğu ve neyi temsil ettiği konusunda derin sorgulamalara yol açar. Bu sırlar, onun Arashikage klânına ve onunla birlikte yuva bulduğu insanlara olan bağlılığını zorlar. Snake Eyes, sadece kendi geçmişiyle değil, aynı zamanda klânın kutsal değerleriyle de yüzleşmek zorunda kalır.

Bu zorlu süreçte, Snake Eyes'ın en yakınındaki kişiler bile onun sadakatini sorgular hale gelir. Bu, klâna ve arkadaşlarına olan güvenini kaybetmekle eşdeğerdir. Ancak Snake Eyes, geçmişiyle yüzleşmek ve doğru yolu bulmak için içsel bir mücadele verirken, sonunda kendisini ve gerçek değerlerini bulacaktır. Bu süreçte, onun karakteri ve sadakati gerçek bir sınavdan geçer, ve onun geleceği belirlenir.