Sonic, Knuckles ve Tails, şimdiye kadarki en zorlu mücadelelerinden birini vermek için tekrar bir araya gelir. Karşılarındaki rakip, sadece güçleriyle değil, gizemli geçmişi ve soğukkanlı kararlılığıyla da tanınan Shadow the Hedgehog'dur. Shadow, Sonic ekibinin sınırlarını zorlayan, benzersiz hız ve yeteneklere sahip bir düşmandır. Her planlarını önceden tahmin eden ve onları her anlamda geride bırakan Shadow, sadece Sonic ve arkadaşlarının değil, tüm gezegenin güvenliğini tehlikeye atmaktadır.

Bu kadar güçlü bir düşman karşısında, Sonic ve ekibi yeni bir strateji geliştirmek zorunda kalır. Ancak Shadow’u yenmek için kendi güçleri yeterli olmayacaktır. Takım Sonic, beklenmedik bir müttefik bulmak ve Shadow’un geçmişindeki karanlık sırları çözerek onun zaaflarını ortaya çıkarmak için zamana karşı bir yarışa girer. Bu mücadelede, hem dostluklarının gücünü hem de kendi sınırlarını yeniden keşfedeceklerdir.