Neo'nun Matrix'e geri dönmesi, onun için beklenmedik bir dönüş olur çünkü o, özgürlüğüne kavuştuğunu ve gerçek dünyada yaşamaya başladığını düşünüyordu. Ancak, tuhaf anılarla boğuştuğu gerçeği, Neo'nun gerçekliğiyle Matrix arasındaki sınırın belirsiz olduğunu gösterir.

Matrix'e geri döndüğünde, Neo'nun zihninde birçok karışıklık ve kafa karıştırıcı anılarla karşılaşabilir. Örneğin, eski yaşamının izleriyle karşılaşabilir, geçmişte yaşadığı olayların gerçekliğini sorgulayabilir veya Matrix içindeki manipülasyonları hatırlayabilir. Bu durum, Neo'nun gerçeklik ile sanal dünya arasında gidip gelmeye başlamasına neden olabilir.

Neo'nun bu beklenmedik dönüşü, onun kendi içsel mücadelesiyle ve Matrix'in onun üzerindeki etkisiyle yeniden yüzleşmesine yol açar. Belki de Neo, gerçek dünyanın karmaşıklığına rağmen, Matrix'in çekici yanlarına yeniden kapılır veya bu sefer tamamen özgür olma arzusuyla Matrix'i değiştirmeye çalışabilir.

Bu durum, Neo'nun karakterinin derinleşmesine ve hikayenin daha karmaşık bir hal almasına yol açabilir, zira Neo'nun içsel çatışmaları ve gerçeklikle olan ilişkisi, hikayenin merkezine yerleştirilebilir.